La estructura organizacional del programa de investigación A2C2 se compone de diferentes niveles: Nivel I: evaluación, Nivel II: seguimiento, Nivel III: coordinación y Nivel IV: investigadores A2C2 El Consejo Académico de la Universidad de Talca, entidad encargada de evaluar los logros del programa de investigación. Por su parte la Vicerrectoría Académica, a través de la Dirección Investigación, realiza el seguimiento de las actividades desarrolladas por el A2C2. El nivel III y IV se basa sus cuatro líneas de investigación las cuales conforman su coordinación y operación, respectivamente.

El Nivel IV es el más importante en este define la operatoria e integración interdisciplinar de los investigadores A2C2, cada investigador tiene la tarea de levantar iniciativas las cuales son presentadas al Nivel III de coordinación. Cada línea de investigación tiene un representante o coordinador, en conjunto evalúan las iniciativas identificadas al interior de cada línea. Cada coordinador(es) debe(n) presentar y defender las iniciativas levantadas para, posteriormente, comenzar su ejecución.

El Director del programa es quien lidera al equipo de investigadores A2C2, sus tareas principales son incrementar las relaciones con autoridades universitarias, científicas y gubernamentales; representar al A2C2 ante la comunidad y facilitar la disponibilidad de recursos para la ejecución de las iniciativas A2C2.